In questo secolo la scienza medica fu caratterizzata dall'affermazione delle dottrine dei "sistemi", cioè una serie di principi fisiologici, patologici e terapeutici tenuti insieme da una solida base filosofica che continuava a rivestire una certa importanza nel tentativo di spiegare alcuni fenomeni naturali di non immediata comprensione. Nonostante le numerose proposte portate avanti da alcuni autori che di volta in volta sembravano fornire chiavi di lettura esatte e definitive su svariati argomenti, limitati furono i riflessi pratici in campo medico-chirurgico: il ruolo trainante spettava infatti ancora alle teorie filosofiche come quelle di Leibniz e Kant.
I principali sistemi furono quelli elaborati da Friederich Hoffmann (1660-1742) e da Georg Ernst Stahl (1660-1734). Hoffmann teorizzò un sistema medico che poggiava su basi essenzialmente meccaniche: l'intero organismo era composto da fibre che si contraevano e rilasciavano a seconda di un fluido regolatore contenuto nel cervello. Le malattie erano dovute alla modificazione del tono normale e si manifestavano con una quantità eccessiva di sangue a livello dello stomaco o dell'intestino, organi sui quali venivano così concentrate le maggiori attenzioni terapeutiche.
Stahl sottolineava invece l'importanza dell'anima che ordinava ed equilibrava ogni processo fisiologico; la morte dell'anima portava alla putrefazione del corpo.
Altre teorie ebbero un discreto seguito in questo secolo: William Cullen (1710-1790) sosteneva che l'origine della vita fosse da ricercare nel sistema nervoso il cui equilibrio corrispondeva allo stato di salute.
Secondo John Brown (1735-1788) la vita era uno stato mantenuto da continui stimoli che agivano sulla eccitabilità degli organi. Ogni altro sintomo era da tralasciare, tanto che egli vedeva l'unica via di terapia in sostanze stimolanti.
La concezione del Vitalismo della scuola di Montpellier (De Bordeu, Barthez) propugnava invece l'esistenza di una via intermedia tra materia ed anima: ogni singolo organo aveva in sé una forza vitale. Franz Anton Mesmer (1734-1815) era convinto che l'energia guaritrice proveniva dallo stesso organismo umano (teoria del magnetismo animale). Celebri sono i suoi studi sull'ipnotismo o sonnambulismo artificiale.
In conclusione i reali progressi in questo periodo furono davvero pochi e si possono elencare brevemente: Edward Jenner (1749-1823) studiò il vaiolo ed osservò che le persone infettate una volta dalla forma vaccina non contraevano più quella umana; decise quindi di produrre artificialmente la prima infezione come misura profilattica ottenendo così l'immunizzazione da una delle patologie in quel tempo più pericolose.
Paolo Mascagni (1755-1815) scoprì il sistema linfatico.
Leopold Auenbrugger (1722-1809) introdusse il metodo della percussione per individuare le alterazioni del polmone. Da ricordare infine, anche se in campo non prettamente medico, gli studi di Carlo Linneo (1707-1778) che concepì il metodo binomiale (genere e specie) nella classificazione di animali e piante.